Análise do microbioma associado ao sistema radicular de feijão

Resumo

Apresentamos aqui uma proposta de estágio de pesquisa no exterior como parte complementar ao projeto de pós-doutorado em andamento (FAPESP 2014/03217-3). Para este estágio propomos dois objetivos principais, sendo o primeiro o uso de plataforma de bioinformática e o know-how do Netherlands Institute of Ecology (NIOO) para analisar os dados gerados nos experimentos conduzidos no Brasil, e segundo, propomos um experimento adicional para a análise da comunidade microbiana endofítica da variedade de feijão resistente ao patógeno de solo Fusarium oxysporum. Portanto, o primeiro objetivo consiste na análise dos dados de sequenciamento, i.e. 16S rRNA amplicons, shotgun metagenoma e metatrasncriptoma, da comunidade microbiana da rizosfera de feijão. Os dados de sequenciamento estão sendo obtidos a partir de experimentos de mesocosmo utilizando quatro variedades de feijão comum, com diferentes níveis de resistência ao patógeno de solo F. oxysporum. Ferramentas de bioinformática serão usadas para o processamento e anotação das sequencias, e software estatísticos serão usados para a comparação e interpretação dos dados. O segundo objetivo é a realização de um novo experimento a ser conduzido no NIOO, a fim de avaliar o efeito da inoculação do F. oxysporum na comunidade microbiana de rizosfera e endofítica do feijão resistente IAC Milênio. Este segundo objetivo irá agregar uma nova dimensão ao projeto original em andamento incluindo a análise dos endofíticos, o qual não estava planejado inicialmente mas representa uma importante contribuição para atingir o objetivo global do projeto. Em conclusão, a aprovação desta proposta irá fomentar significativamente a identificação de potenciais grupos de micro-organismos presentes no sistema radicular do feijoeiro que estão relacionados à supressão do patógeno de solo F. oxysporum. (AU)