Implementação e otimização de uma plataforma computacional para expandir a análise de dados proteômicos

Resumo

O bolsista de treinamento técnico estará envolvido na otimização e desenvolvimento de métodos analíticos e computacionais para caracterizar quantitativamente estruturas sítio-específicas de glicopeptídeos intactos e peptídeos crosslinked em misturas biológicas complexas. Essas atividades serão importantes para dar suporte aos aspectos experimentais e computacionais do projeto, bem como à rotina diária do espectrômetro de massas Orbitrap Ascend. A bolsa está associada à aquisição de uma plataforma de espectrometria de massas como uma instalação multiusuário que inclui espectrômetros de massas de última geração acoplados a um sistema cromatográfico líquido de nano e microfluxo.O bolsista terá um papel de destaque em: 1) Aplicar métodos de preparação de amostras para análise de glicopeptídeos e crosslinkers, desde a extração de proteínas até o enriquecimento de peptídeos modificados; 2) Dar suporte a usuários externos e internos com preparação de amostras e procedimentos computacionais, orientando-os sobre como preparar amostras para aplicações específicas e analisar seus dados; 3) Aprender e executar tarefas de manutenção de rotina na plataforma de espectrometria de massas EMU; 4) Implementar um pipeline para analisar dados de espectrometria de massa gerados pelo espectrômetro de massa Orbitrap Ascend; 5) Otimizar os parâmetros para vários softwares dentro da plataforma EMU (Proteome Discoverer, MaxQuant, Prosight PC, Simglycan, HDExaminer, SIM-XL).O bolsista terá a oportunidade de trabalhar em estreita colaboração com o Prof. Giuseppe Palmisano e a equipe do Prof. Fabio Gozzo para aprender novas técnicas de enriquecimento e análise de glicopeptídeos intactos e crosslinkers. O bolsista receberá treinamento específico sobre manutenção diária dos espectrômetros de massa da Dra. Claudia B. Angeli, com longa experiência em trabalhar com espectrômetros de massa de alta resolução e precisão de massa. Além disso, o Prof. Paulo C. Carvalho (ICC-Fiocruz), pesquisador reconhecido internacionalmente em proteômica computacional, colabora no projeto EMU e ajudará com seu grupo.